新闻通稿

上海, 01.11.2019

罗氏新一代靶向富集产品上市,重新定义NGS检测

近年来,靶向测序凭借成本低、针对性强、效率高、高通量等优势,在辅助疾病诊断和治疗中发挥出积极的作用,成为NGS临床研究的常规手段,广泛应用于肿瘤伴随诊断、肿瘤治疗疗效预测、遗传疾病诊断等领域。

近日,依托成熟的设计专长和业界领先的产品解决方案,罗氏诊断发布新一代靶向富集产品,在目标覆盖率、捕获均一性和重复率等方面均得到全面提升,将进一步简化靶向测序工作流程,降低测序成本。

 “作为靶向富集的先驱者和领导者,罗氏诊断始终以满足市场需求为导向,不断创新,设计更加高效、经济、方便的靶向富集解决方案,助力NGS在科研和临床领域有更多的表现和突破。”罗氏诊断中国生命科学部总监苏忠美女士表示。

 

罗氏诊断中国生命科学部总监 苏忠美女士

 

靶向测序成为“宠儿”

靶向测序是将感兴趣的基因组区域通过捕获试剂盒进行富集后进行测序的研究策略,根据不同的应用,利用较少的数据量就能得到超高的灵敏度和准确度,实现变异位点的快速筛选。

相较全基因组测序和全外显子测序,靶向测序能够聚焦所关注的区域,去除冗余数据的干扰,同时最大限度地利用测序reads,测序成本低且测序深度深,尤其适用于在临床应用中样本量少时的选择。

目前,靶向测序在疾病相关领域应用日趋成熟,除了遗传疾病诊断、肿瘤伴随诊断、肿瘤治疗疗效预测等热门应用外,靶向测序在HPV整合位点检测、病原体基因组研究、无创产前单基因遗传病诊断、拷贝数变异(CNV)和线粒体DNA分析、肿瘤新生抗原预测等也呈现出巨大的应用潜力。

“基因测序若以患者为中心,首先要考虑临床的适用性和检测的合理性,其次是检测费用足够低能够惠及到更多患者,靶向测序为临床需求提供了更为理想的解决方案。”江苏先声医学诊断有限公司首席科学官肖念清先生说道。

 

江苏先声医学诊断有限公司首席科学官 肖念清先生

 

2018年11月,先声诊断和罗氏诊断达成战略合作,致力于新一代测序产品开发与应用。基于罗氏诊断平台,先声诊断搭建了TMB(肿瘤突变负荷)、MSI(微卫星不稳定)、肿瘤相关信号通路、靶向用药相关基因、化疗评估相关基因、肿瘤遗传性相关基因六大检测平台,覆盖多个瘤种,已经为逾两万名患者提供了临床检测服务。

专注靶向富集技术并持续优化

靶向富集技术是靶向测序的关键步骤,其精度和深度决定了后续测序应用领域的扩展。“NGS应用于临床需要保证测序的深度,比如肿瘤组织需要检测低于5%的突变,ctDNA还需要检测低于1%的突变。基于成本的考量和产能的限制,测序的深度和广度通常不可兼得。此时,靶向富集技术就至关重要,能够捕获到我们关注的目标区域,再以更高深度的测序方式去获取细小的突变。”谈及靶向富集技术的重要性,深圳市海普洛斯生物科技有限公司联合创始人、首席技术官陈实富博士表示。

 

深圳市海普洛斯生物科技有限公司联合创始人、首席技术官 陈实富博士

 

靶向富集技术是涵盖文库制备、捕获探针产品、测序优化技术等全流程的完整解决方案,需要强大的技术积累以及经验沉淀,并非朝夕可成,罗氏诊断已在此领域孜孜不倦探索了十多年。

2007年,罗氏收购靶向富集文库创始品牌NimbleGen,此后两三年间推出靶向富集文库用于基因测序;2015年,罗氏收购文库制备领域的领导者KAPA Biosystems并上市SeqCap EZ MedExome;2017年,罗氏上市HyperCap靶向富集产品组合,同时推出优化的集KAPA建库与靶向富集捕获于一体的HyperCap 2.0实验流程;2018年 ,全新升级的靶向捕获探针生产工艺Prime探针上市;2019年10月,罗氏新一代靶向富集产品上市。

基于多年的技术整合和研究,罗氏诊断推出覆盖捕获探针 SeqCap产品系列、捕获配套试剂、定制涉及软件/服务、Hyper Cap 2.0 workflow完整实验方案的靶向捕获全流程解决方案,可用于DNA捕获、RNA捕获、甲基化捕获,满足多组学层次的研究需求。此外,罗氏诊断还倡导客户共享设计,共同开发产品和应用。

据悉,全新升级后的罗氏靶向富集产品的特点是重复率的降低和均一性的提高,在降低测序成本的同时变异检测也更加准确,能够对接Illumina和MGI平台,在基因组样本、FFPET样本、ctDNA样本中、在超高深度测序下均有优异的表现,且优化后的工作流程让测序更有效率。此外,新产品保留了罗氏靶向富集产品的核心算法,罗氏的算法有近20年的历史,能及常规算法所无法设计的基因组区域,让panel设计更简单、高效,无需反复优化即可一次成型。

“从样本制备、测序到分析、出报告,罗氏诊断测序解决方案致力于通过足够简单的操作来满足临床的需求,实现‘样本进,结果出’。近年来,基因测序应用方向从科研拓展至医学健康领域,对靶向富集技术也提出了新的要求,需要我们不断地提高均一性、降低重复率,让捕获的技术更加完美,以产生更快、更准确的结果供临床参考。”苏忠美女士表示。

助力NGS测序应用进一步开发

需要靶向富集技术的应用通常测序条件较为苛刻,以肿瘤早期诊断为例,肿瘤在极早期时释放在血液中的信号极少,需要排除其他干扰,用非常灵敏的低频率探测技术才能检测出来。陈实富强调,若靶向富集技术存在缺陷,就有可能出现假阳性和假阴性问题,产生错误的报告,影响后续的检测和诊断。只有成熟的靶向富集技术,才能助力靶向测序技术的更广泛应用。

臻和(北京)科技有限公司转化生信研发经理郭现超先生认为:“国内的基因测序行业竞争日趋激烈,企业要想获得一席之地,需具备过硬的技术实力和较高的服务水平,而罗氏的靶向富集技术能保证检测数据的准确性和检测工作的高效率,将帮助企业更好地开发产品,增强行业竞争力。”

 

臻和(北京)科技有限公司转化生信研发经理 郭现超先生

 

苏忠美女士最后表示:“罗氏新一代靶向富集技术显著提高了各项性能,重新定义了NGS检测结果的衡量标准,且大幅度降低了NGS检测在测序环节的成本,将推动更多靶向测序应用平台的开发和升级。未来,我们将不断开发更多更好的靶向富集产品,携手合作伙伴搭建行业生态系统,让基因测序更加精准、更加可靠、更加便捷,最终惠及人类健康事业。”

 

转载自 测序中国